Имеет смысл проверить другие моды - вдруг что-то где-то всё-таки упустил.
Просмотрел другие моды - подавляющее большинство имеет простейшую установку "скинуть в папку mods", есть несколько с участием папки DLC и своими конфигами, проверил, всё на месте. Конфликтующих скриптов нет, практически все мержатся в автоматическом режиме. Установку модов обычно делаю через W3MM, если в описании не написано обратное. По совместимости - патчи (если есть) установлены. Поверь, я читаю описания и моды ставлю именно так, как предписано автором. Почему не удалил UP - уже не помню, возможно, в описании какого-то другого мода он значился, как необходимый, и я не удалял. Как ты сама написала, Base его переписал, так что тут никакой проблемы быть не может.
Например, при ФПС выше 30 ты можешь кастовать альтернативные знаки дольше. Периодически вылезают глюки с анимацией.
Установка лока на море никак не влияет.
Если всё же грешить на моды и пытаться найти виновного перебором - какие отключать в первую очередь? С текстурами/моделями, в которых есть blob0.bundle, metadata.store и texture.cache? Или те, которые со скриптами?